Het e-commerce systeem van WebGUI is begonnen als abonnementen systeem. Hiermee werd het mogelijk om content, tegen betaling beschikbaar te maken op termijn basis. Dit systeem was onder de motorkap eigenlijk al een basis e-commerce systeem dat bestond uit een winkelwagen en betaal- en verzendings-modules, welke modulair werden geïmplementeerd. Dit wil zeggen dat het voor gebruikers mogelijk is om plugins te (laten) maken waarmee ze hun eigen systemen in WebGUI kunnen integreren. Later werd het systeem door hem verder uitgebreid met onder andere pluginpunten voor transportbedrijven, transactiemanagement en een productmanager tot een volwaardig basis webwinkel systeem.
Oqapi heeft een aantal webwinkels ontwikkeld en paymentplugins voor nieuwe diensten zoals iDEAL gemaakt. Hoewel het huidige e-commerce systeem voldoet voor de gemiddelde webwinkel, is het niet geschikt voor geavanceerde e-commerceconcepten. Het was daar dan ook niet voor onworpen.
Op dit moment wordt er hard gewerkt aan de tweede incarnatie van het commerce systeem van WebGUI. Deze nieuwe versie wordt krachtig en flexibel genoeg om de meeste complexe productconfiguraties en e-commerce projecten aan te kunnen. Uiteraard werkt Oqapi mee aan de ontwikkeling hiervan. Medio mei 2008 wordt de eerste beta versie van dit nieuwe systeem verwacht.